Die Geschichte Maltas umfasst die Entwicklungen auf dem Gebiet der Republik Malta von der Urgeschichte bis zur Gegenwart. Sie begann mit der menschlichen Besiedlung Anfang der Jungsteinzeit. Eine erste kulturelle Blüte entwickelte sich zwischen 3800 und 2500 v. Chr., anschließend blieben die maltesischen Inseln längere Zeit unbewohnt. In den vergangenen zweieinhalb Jahrtausenden waren sie Bestandteil verschiedener Reiche. Nach der Herrschaft der Punier, Römer und Araber stand Malta unter dem Einfluss europäischer Herrscherhäuser, bevor sich im Jahre 1530 der Johanniterorden dort niederließ, der nach seinem neuen Standort seither auch Malteserorden genannt wird. Seine lange Zeit vom Kampf gegen das Osmanische Reich geprägte Regentschaft beeinflusst das Inselleben bis heute und hat insbesondere das architektonische Bild der Inseln nachhaltig geprägt. Im Jahre 1798 wurde der maltesische Archipel von französischen Revolutionstruppen besetzt, die bereits zwei Jahre danach von britischen Truppen vertrieben wurden. Nach 164 Jahren britischer Kolonialherrschaft wurde Malta 1964 in die Unabhängigkeit entlassen und ist seit 1974 eine parlamentarische Republik. Malta trat 2004 der Europäischen Union bei und führte 2008 den Euro als Landeswährung ein.
Die möglicherweise ältesten auf Malta gefundenen menschlichen Überreste sind drei 1917 und 1936 entdeckte Backenzähne, deren Zuordnung zum Neandertaler als unsicher gilt. Sie stammen aus Għar Dalam, der „Höhle der Finsternis“, in der auch Knochen, Stoßzähne und Zähne von Zwergelefanten und Flusspferden lagerten. Es wird angenommen, dass Malta unbesiedelt war, als der Archipel zwischen 12.000 und 7.000 v. Chr. aufgrund des Anstiegs des Meeresspiegels vom Festland getrennt wurde. Die früheste nachgewiesene Besiedelung der Insel durch Menschen geschah durch Jäger und Sammler Mitte des 7. Jahrtausends v. Chr. Die Höhle Latnija (Għar tal-Latnija, auch Għar Tuta) war vor 8.500 bis 7.500 Jahren (etwa 1.000 Jahre lang) genzuzt.
Die ersten neolithischen Siedler, die seit etwa 5200 v. Chr. nachgewiesen sind, dürften Angehörige der Stentinello-Kultur gewesen sein, eine Gruppe der Cardial- oder Impressokulturen. Sie waren Ackerbauern und brachten Haustiere, Töpferwaren, Steinwerkzeuge und Samen mit. Malta war zu dieser Zeit bewaldet und besaß fruchtbare Böden. Es gab jedoch keinen Feuerstein, der für die Anfertigung von Werkzeugen notwendig war.
Um das Jahr 3800 v. Chr. begannen die Menschen der maltesischen Megalithkultur Felsen auszuhöhlen und aus großen Steinblöcken Kultplätze zu errichten. Letztere waren überdacht, verputzt und in Ockerfarben getüncht. Alle Kultplätze weisen einen ähnlichen Grundriss auf: Durch ein Trilithtor führte zumeist ein Korridor durch zwei oder vier nierenförmige Raumbuchten zu einer Kopfnische. Die Gebäude besaßen einen öffentlich zugänglichen äußeren Bereich mit einer großen Exedra sowie einen inneren Bereich, zu dem wahrscheinlich nur der Priesterschaft Zutritt gewährt wurde. Geweiht waren manche Tempel, wie Statuen zu belegen scheinen, der Großen Mutter der Fruchtbarkeit. Die Malteser bauten Tempel, von denen noch 23 zumindest in Resten erhalten sind. Von keinem ist das Dach erhalten. Es ist ungeklärt, wozu die Häufung einer so großen Zahl von Heiligtümern diente, zumal davon auszugehen ist, dass höchstens 16.000 Menschen den Archipel bewohnten. Noch heute erkennbare Schleifspuren sind ein weiteres ungeklärtes Phänomen. Malta war während der Tempelphase isoliert. Dies geht aus der Tatsache hervor, dass bis zur Aufgabe seiner Siedlungen um das Jahr 2500 v. Chr. keine kupferzeitlichen Einflüsse nachgewiesen sind. Hypothesen, die den plötzlichen demografischen Niedergang Maltas erklären sollen, ziehen Dürren, Epidemien und Flutwellen ebenso in Betracht wie Missernten, die zum Verlassen des Archipels zwangen. Als gesichert gilt, dass es zu keinen kriegerischen Auseinandersetzungen gekommen war, da aus dieser Zeit keinerlei Waffenfunde vorliegen.
Die Periodisierung der vorschriftlichen Kulturen erfolgt nach Fundstätten, die von zentraler Bedeutung sind.
Die frühzeitliche Entwicklung der maltesischen Besiedlung wird in Perioden und Phasen angegeben, deren exakte zeitliche Abgrenzung nicht eindeutig festgelegt werden kann. Zum Teil sehr unterschiedliche Angaben treten in der Fachliteratur zutage. Die Einteilung wird für die zeitliche Bestimmung der gefundenen Keramiken und Skulpturen verwendet.
Die Għar-Dalam-Phase beginnt mit den ersten nachweisbaren Spuren menschlicher Besiedlung und dauert bis etwa 4500 v. Chr. Sie ist nach Għar Dalam, einer gut 200 Meter langen Karsthöhle im Südosten der Insel Malta benannt. Dort wurden neben menschlichen Spuren auch tausende Tierknochen gefunden, unter anderem von Zwergelefanten und Flusspferden. Aus dieser Zeit gibt es nur Höhlenfunde, und die Artefakte sind deutlich durch die Stentinello-Kultur beeinflusst.
Die Skorba-Phase ist nach einem Fundort in der Kleinstadt Żebbiegħ benannt. Dort wurden Überreste eines Megalithtempels gefunden. Die, die der englische Archäologe David H. Trump von 1960 bis 1963 vornahm, förderten Siedlungsspuren von 5200 bis zum 3. Jahrtausend v. Chr. zutage. Die Skorba-Phase wird in eine frühe Phase mit überwiegend grauer Keramik und eine späte Phase mit roter Keramik unterteilt. Zu Beginn der Skorba-Phase wurden noch Hausbestattungen durchgeführt, an ihrem Ende kam es zur Trennung von Wohnanlagen und Begräbnisstätten. Die Menschen begannen unterirdische Grabkammern anzulegen.
Die Żebbuġ-Phase ist nach dem Ort Żebbuġ benannt, bei dem primitive Grabkammern gefunden wurden, aber auch erste einzellige Tempel. Möglicherweise fand am Beginn dieser Phase von Sardinien her eine Neubesiedelung Maltas statt.
Die Mġarr- oder frühe Ġgantija-Phase ist nach den Gräbern in Mġarr benannt, weitere wurden in Höhlen nahe der Küstenstadt Xemxija gefunden. Diese Gräber waren deutlich weiter entwickelt als jene der Żebbuġ-Phase. Einige hatten nierenförmige Ausbuchtungen, die unregelmäßig den Gegebenheiten der Höhle folgten. Diese Raumform wurde dann auch in frühen Tempeln, zum Beispiel in der Tempelanlage von Ta' Ħaġrat, umgesetzt. Spätere Tempel dieser Phase zeigten die typischen nierenförmigen Apsiden in kleeblattförmiger Dreiecksformation. Neben den Tempeln von Ġgantija und Ta' Ħaġrat werden auch Anlagen bei Skorba, Mnajdra und Tarxien dieser Phase zugeordnet. Mit ihr beginnt die eigentliche 1100 Jahre währende Megalithphase auf Malta.
Die Saflieni-Phase ist nach dem Hypogäum von Ħal-Saflieni benannt, dessen Bau in dieser Zeit begonnen wurde. Es erschienen erste doppelnierenförmige, fünfapsige Tempel, beispielsweise bei Skorba, Ta' Ħaġrat und Tarxien. Darüber hinaus wurde die Tempelanlage von Ħaġar Qim errichtet. Als Stilelemente kamen Spiralverzierungen und Trilith-Altäre auf.
In der Tarxien-Phase, benannt nach den Tempeln von Tarxien, entwickelten sich vier- und sechsapsige Muster für den Tempelbau. Der Zentraltempel von Tarxien wurde errichtet, die Anlage von Ġgantija vollendet, die Tempel von Ħaġar Qim und Mnajdra wurden fertiggestellt und das Hypogäum um die unteren Stockwerke erweitert. Am Ende der Tarxien-Phase bricht der Tempelbau abrupt ab.
Die Bronzezeit auf Malta wird mit einer Neubesiedelung der Insel verbunden, bei der sich etwa 2500 v. Chr. eine Bevölkerung unbekannter Herkunft mit einer völlig anderen Kultur auf der unbewohnten Insel Malta niederließ.
Die neue Bevölkerung brachte die auf der Insel zuvor unbekannte Bronze mit und verbrannte ihre Toten. Die älteste Phase der maltesischen Bronzezeit wird durch den Friedhof von Tarxien markiert. Das einzige bisher bekannte Urnengräberfeld wurde inmitten der Tempelruinen angelegt. In einer mit Asche vermengten Erdschicht wurden Reihen offener Urnen mit Leichenbrand gefunden. Die Urnen enthielten oft kleinere Gefäße sowie verkohlte Samen und Pflanzenteile. Klumpen von Textilien dürften Bekleidungsreste sein. Kleine flache Perlen, die die Verstorbenen begleiteten, wurden in größeren Mengen gefunden ebenso wie bronzene Äxte und flache Dolchklingen. In der gleichen Schicht fand Themistocles Żammit eine Anzahl stark stilisierter anthropomorpher, zumeist sitzend dargestellter Terrakottafigurinen. Zwei von ihnen sind als weiblich erkennbar, während die anderen eine flache, mit geometrischen Ritzmustern bedeckte Scheibe als Körper haben. Es gibt keinen Hinweis auf die Wohnungen der in der „Tarxien-Cemetery-Phase“ lebenden Bevölkerung. Die einzigen Bauten, die mit ihnen in Zusammenhang gebracht werden können, sind Dolmen in verschiedenen Größen. Auf Maltesisch werden sie als l-imsaqqfa (mit einem Dach versehen) bezeichnet. Die Dolmen bestehen aus einem roh behauenen Deckstein, der auf zwei oder drei Seiten von Tragsteinen gestützt wird, die meist auf einer ihrer langen Schmalseiten stehen. Unter der Mitte ist der Felsuntergrund ausgearbeitet, so dass eine bis zu 60 cm tiefe Grube entstand. Die Dolmen dienten als Begräbnisstätte (für Brandgräber). Die nächsten Parallelen finden sich in Apulien und auf Sizilien.