Die dokumentierte Geschichte der Stadt Berlin begann im Hochmittelalter mit der Gründung von zwei Handelsorten. Urkundlich erstmals erwähnt wurde Berlin im Jahr 1244, das benachbarte Kölln bereits 1237. Archäologische Funde legen nahe, dass der Berliner Raum schon Jahrhunderte zuvor besiedelt war.
Im Jahr 1309 bildeten Kölln und Berlin eine Städteunion. 1432 schlossen sich beide Orte zu der Doppelstadt Kölln-Berlin zusammen. 1486 stieg Kölln-Berlin zur Residenzstadt der Markgrafen und Kurfürsten von Brandenburg aus dem Haus Hohenzollern auf. Kurfürst Joachim II. führte 1539 die Reformation in Berlin ein. Die im Jahr 1613 vollzogene Konversion von Kurfürst Johann Sigismund zum calvinistischen Glauben führte zu langanhaltenden konfessionellen Spannungen mit der lutherisch geprägten Bevölkerung Berlins.
Der Dreißigjährige Krieg (1618–1648) beendete Berlins kulturellen und wirtschaftlichen Aufschwung als Residenzstadt. Seuchen und Truppendurchzüge ließen die Einwohnerzahl halbieren. Erst unter dem Großen Kurfürsten konnte sich die Stadt von den Folgen des Krieges erholen. Der Große Kurfürst ließ um Berlin und Kölln eine Festung anlegen und ermöglichte die Einwanderung französischer Glaubensflüchtlinge. Eine repräsentative bauliche Aufwertung, besonders des Schlossbereichs, erfuhr Berlin zu Anfang des 18. Jahrhunderts infolge der Königskrönung Friedrichs I. Sein Nachfolger Friedrich Wilhelm I. förderte vor allem den Bau von Kirchen, Stadtpalais und Bürgerhäusern und legte Exerzierplätze an. Im Laufe des 18. Jahrhunderts überrundete Berlin alle deutschen Städte außer der Kaiserstadt Wien an Einwohnerzahl und Umfang.
Friedrich der Große trieb den Ausbau Berlins an der Straße Unter den Linden durch das Forum Fridericianum und den Neubau repräsentativer Immediatbauten voran und gründete staatliche Manufakturen wie die Königliche Porzellan-Manufaktur Berlin. Unter seinem Nachfolger Friedrich Wilhelm II. erfuhr die Stadt eine klassizistische Umgestaltung. Die religiöse und gesellschaftliche Toleranz während der Berliner Klassik ließ sie zu einer der bedeutendsten Städte der Aufklärung in Europa werden. Nach einer zweijährigen französischen Besatzungszeit (1806–1808) nahm Berlin im Laufe des 19. Jahrhunderts, vor allem ab 1860, einen enormen Aufschwung. 1871 avancierte die Stadt zur Reichshauptstadt des Deutschen Kaiserreiches. Danach entwickelte sich die Stadt zu einer der bevölkerungsreichsten Metropolen der Welt, zu einem industriellen und wissenschaftlichen Zentrum sowie zu einem bedeutenden Verkehrsknoten im Eisenbahnnetz.
Ab 1919 war Berlin Hauptstadt der demokratischen Weimarer Republik, ebenso nach der NS-Machtergreifung 1933. Nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs war die Stadt schwer zerstört und unterlag ab 1945 dem Viermächte-Status. Ost-Berlin hatte ab 1949 die Funktion als Hauptstadt der Deutschen Demokratischen Republik, während West-Berlin weiterhin bis 1990 von den drei westlichen Besatzungsmächten USA, Vereinigtes Königreich und Frankreich verwaltet und ab 1950 mit deren Genehmigung vom Senat von Berlin (West) regiert wurde. Wobei sie mit der Bundesrepublik Deutschland assoziiert waren. Von 1961 bis 1989 war Westberlin von der Berliner Mauer umgeben. Mit dem Mauerfall 1989 und der deutschen Wiedervereinigung im Jahr 1990 wuchsen die beiden Stadthälften wieder zusammen und Berlin erhielt seine Rolle als gesamtdeutsche Hauptstadt zurück. Seit 1999 ist sie Sitz der Bundesregierung, des Bundespräsidenten, des Deutschen Bundestages, des Bundesrates sowie zahlreicher Bundesministerien, Bundesbehörden und Botschaften.
Der Name Berlin ist ursprünglich slawisch. Er geht auf altpolabisch Birlin, Berlin zurück und bedeutet ‚Ort in einem sumpfigen Gelände‘. Zugrunde liegt altpolabisch birl-, berl- ‚Sumpf, Morast‘, ergänzt um das die Lage bezeichnende slawische Suffix -in. Die urkundliche Überlieferung mit dem Artikel („der Berlin“) spricht für einen ursprünglichen Flurnamen, der von den Siedlern aufgenommen wurde.
Der Name Kölln ist vermutlich eine Namensübertragung von Köln am Rhein, der auf lateinisch colonia ‚Pflanzstadt in einem eroberten Land, Kolonie‘ zurückgeht. Nicht ganz auszuschließen ist jedoch auch eine Herleitung von einem altpolabischen Namen *kol’no, der zu kol ‚Pfahl‘ gebildet wäre.
Der Stadtname ist weder auf den angeblichen Gründer der Stadt, Albrecht den Bären, gestorben bereits 1170, noch auf das Wappentier, den Bären, zurückzuführen. Der „Berliner Bär“ macht aus dem Wappen Berlins ein redendes Wappen, das den Stadtnamen in deutscher Sprache bildlich darstellt (Berlin = ‚Bärlein‘, ‚kleiner Bär‘). Das Wappentier leitet sich demnach vom Stadtnamen ab, nicht jedoch umgekehrt.
Vorgeschichte (16.000 v. Chr. bis 1.200 n. Chr.)
Funde von Feuersteinen und bearbeiteten Knochen lassen auf eine Besiedlung des Berliner Raums seit etwa 60.000 v. Chr. schließen. Zu dieser Zeit waren weite Teile Nord- und Ostdeutschlands von den Vergletscherungen der letzten Eiszeit bedeckt, die ungefähr von 110.000 bis 8.000 v. Chr. dauerte. Im Baruther Urstromtal, rund 75 Kilometer südlich Berlins, erreichte das Inlandeis vor rund 20.000 Jahren seine maximale südliche Ausdehnung. Seit rund 19.000 Jahren ist der Berliner Raum, dessen Niederung zum Jungmoränenland der Weichsel-Kaltzeit zählt, wieder eisfrei. Vor rund 18.000 Jahren bildeten die abfließenden Schmelzwasser das Berliner Urstromtal als Teil der Frankfurter Staffel aus, das wie alle Urstromtäler im Untergrund aus mächtigen Schmelzwassersanden besteht. Die Spree nutzte das Urstromtal für ihren Lauf, im unteren Spreetal bildete sich stellenweise eine Tundra heraus. Westlich dominierten feuchte Niederungen und Moorgebiete das Erscheinungsbild des Tals.
Die Plateaus Barnim und Teltow bildeten sich parallel zum späteren Lauf der Spree. Mit dem Rückgang des Eises wurde Standwild wie Rehe, Hirsche, Elche und Wildschweine sesshaft und verdrängten die Rentiere. In der Folge begannen die Menschen, die von der Jagd lebten, feste Siedlungen zu errichten. Im 9. Jahrtausend v. Chr. siedelten an der Spree, Dahme und Bäke Jäger und Fischer, die Pfeilspitzen, Schaber und Feuersteinbeile hinterließen. Aus dem 7. Jahrtausend v. Chr. stammt eine Maske, die wahrscheinlich als Jagdzauber diente.
Jungsteinzeit, Bronze- und Eisenzeit (4000 v. Chr. bis 500 n. Chr.)
Im 4. Jahrtausend v. Chr. bildeten sich Kulturen mit Ackerbau und Viehzucht, die handgefertigte Keramiken und Vorratsspeicher benutzten. Drei Bestattungen auf dem Gebiet von Schmöckwitz aus dieser Zeit bilden die ältesten Menschenfunde auf Berliner Boden. Ein Dorf der Trichterbecherkultur konnte 1932 bis 1934 auf dem Gebiet der Britzer Hufeisensiedlung ausgegraben werden.
Die meisten jungsteinzeitlichen Funde stammen von der Kugelamphoren-Kultur um 2000 v. Chr. Rund 200 bronzezeitliche Fundstellen bezeugen eine immer dichter werdende Besiedlung an der Havel und Spree. Schätzungsweise 1000 Menschen sollen sich zu dieser Zeit auf etwa 50 Siedlungen verteilt haben, die überwiegend der Lausitzer Kultur und der Nordischen Bronzezeit zugerechnet werden. Ein 1955 in Lichterfelde entdecktes bronzezeitliches Dorf bestand aus sieben oder acht rechteckigen Häusern, die sich um einen Dorfplatz herum gruppierten. Die Pfostenhäuser waren mit lehmverkleideten Wänden sowie schilf- oder strohgedeckten Dächern ausgestattet. Ein weiteres Dorf mit fast 100 Bauten konnte beim Bau des Klinikums in Berlin-Buch freigelegt werden.
Mit Beginn der Eisenzeit um 600 v. Chr. wurde die Lausitzer von der Jastorf-Kultur abgelöst. Ab ungefähr 500 v. Chr. drangen die nachfolgenden Germanen ins Berliner Gebiet vor und siedelten sich auf den waldreichen Höhen des Barnim und des Teltow an. Germanische Siedlungen wurden vor allem in Rudow, Lübars, Marzahn und Kaulsdorf ausgegraben. In der Zeit nach Christi Geburt tauchten die elbgermanischen Semnonen, ein Volksstamm der Sweben, auf. Ein Teil der semnonischen Bevölkerung wanderte 200 n. Chr. nach Südwesten ab. Ihnen folgten ostgermanische Burgunden.
Im 4. und 5. Jahrhundert n. Chr. verließen große Teile der germanischen Stämme das Gebiet um Havel und Spree und wanderten Richtung Oberrhein nach Schwaben. Im Berliner Raum nahm daher die Besiedlungsdichte ab, er blieb aber von germanischen Restgruppen besiedelt.