Der Begriff Generalgouvernement (polnisch Generalne Gubernatorstwo), ursprünglich Generalgouvernement für die besetzten polnischen Gebiete, bezeichnete zunächst die Gebiete der früheren Zweiten Polnischen Republik, die 1939–1945 vom Deutschen Reich militärisch besetzt und nicht, wie die neuen Reichsgaue Danzig-Westpreußen und Wartheland sowie der neue Regierungsbezirk Zichenau, unmittelbar durch Annexion in das Reichsgebiet eingegliedert wurden. Daneben bezeichnet es die dort errichteten Verwaltungsstrukturen unter dem Generalgouverneur und NSDAP-Funktionär Hans Frank und seinem Stellvertreter Josef Bühler. Die Errichtung des Generalgouvernements beruhte auf einem Erlass Adolf Hitlers vom 12. Oktober 1939 und löste daraufhin die geltende Militärverwaltung ab. Es umfasste zunächst eine Fläche von 95.000 km² und wurde am 1. August 1941, nach dem Angriff auf die Sowjetunion, um den zuvor sowjetisch besetzten Distrikt Galizien auf 144.000 km² erweitert.
In der deutschen Besetzung des Generalgouvernements verbanden sich Ausbeutungs- und Vernichtungspolitik. Die jüdische und ein großer Teil der polnischen Bevölkerung wurden umgebracht. Parallel zu den Vernichtungsaktionen (Vernichtung durch Arbeit) wurde eine Ausbeutungspolitik entfaltet, die den starken Arbeitskräftemangel in der deutschen Wirtschaft kompensieren sollte.
Ökonomisch sollte das Generalgouvernement völlig vom Großdeutschen Reich abhängig sein, dabei aber möglichst nichts kosten. Das Generalgouvernement wurde zum Bestandteil des großdeutschen Machtbereichs gezählt, sollte jedoch nicht ein nach deutschem Muster verwaltetes Territorium werden; die Okkupationsverwaltung sollte sich nur um die unmittelbaren Belange der Okkupanten selbst kümmern und die Polen ihrem Schicksal überlassen.
Die nach wenigen Wochen erzielten deutschen Erfolge im Krieg gegen Polen führten zu dessen militärischer Besetzung durch die Wehrmacht. Zunächst waren für den Aufbau der Militärverwaltung die Chefs der Zivilverwaltung bei den einzelnen Armeen zuständig. Am 25. September 1939 wurde das Gebiet durch Führererlass unter Militärverwaltung gestellt und in vier Militärbezirke aufgeteilt. Grundsätzlich unterschieden die Besatzer zwei Gebiete: Die westlichen Teile Polens wurden annektiert, das übrige Gebiet, das so genannte „Restpolen“, sollte gemäß einem weiteren Führererlass vom 12. Oktober 1939 in ein „Generalgouvernement für die besetzten polnischen Gebiete“ überführt werden. Die Bezeichnung Generalgouvernement wurde bewusst in Anlehnung an das während des Ersten Weltkrieges vom Deutschen Kaiserreich militärisch verwaltete Generalgouvernement Warschau gewählt. Zunächst war in der nationalsozialistischen Führung überlegt worden, ob man in den nicht zu annektierenden Gebieten Polens einen polnischen Reststaat unter deutscher Oberhoheit errichten solle. Diese Möglichkeit war im geheimen Zusatzabkommen zum deutsch-sowjetischen Nichtangriffspakt offengelassen worden, und Hitler befürwortete zunächst diese Möglichkeit, um einen Kriegseintritt Großbritanniens zu vermeiden. Nachdem dieser aber am 2. September erfolgt war und die Rote Armee, wie von Deutschland wiederholt gefordert, am 17. September Ostpolen besetzt hatte, war bald nicht mehr von einem Reststaat, sondern nurmehr von einem Restgebiet, das zu bilden sei, die Rede – ein Reservat ohne jede Mitsprachemöglichkeit der Bevölkerung. Mit der Bildung des Generalgouvernements erhielt, wie Martin Broszat schreibt, „der Gedanke eines restpolnischen Gebietes seinen neuen, zynischen Sinn: nicht eigene polnische Staatlichkeit, sondern Staats- und Nationslosigkeit, Degradierung des Generalgouvernements zum Reservoir einer entnationalisierten, ihrer Führerschaft beraubten und kulturell auf eine Elementarstufe herabgedrückten, halbfreien Arbeitsbevölkerung unter strenger deutscher Herrschaft.“
Mit Wirkung vom 26. Oktober 1939 wurde entsprechend einem vom Reichsministerium des Innern ausgearbeiteten Gesetz das Generalgouvernement für die besetzten polnischen Gebiete einer Zivilverwaltung unterstellt und der militärischen Verwaltung des Oberbefehlshabers Ost, Gerd von Rundstedt, entzogen. Die vier Militärbezirke wurden aufgelöst, ihre Befugnisse übernahm Hans Frank als Generalgouverneur, der eine eigenständige zivile Besatzungsverwaltung leitete. Die Einrichtung erfolgte abrupt und ohne Konsultation mit der Wehrmacht. Der Historiker Rolf-Dieter Müller sieht hier einen Zusammenhang mit der Kritik an der nationalsozialistischen Terrorpolitik, die Oberbefehlshaber Ost General Johannes Blaskowitz geäußert hatte. Er sah seinen Spielraum nun darauf reduziert, Ersatzeinheiten für die Westfront auszubilden und die Grenze zur Sowjetunion zu sichern, doch wusste er sich dadurch einen großen Einfluss im Generalgouvernement zu sichern.
Das Generalgouvernement umfasste Zentralpolen und gliederte sich zunächst in die vier Distrikte Krakau, Radom, Warschau und Lublin mit der entsprechenden Anzahl von Stadt- und Landkreisen. Nach Beginn des Deutsch-Sowjetischen Krieges kam am 1. August 1941 das sowjetukrainische Gebiet um Lemberg als neuer Distrikt Galizien mit Sitz in Lemberg zum Generalgouvernement. Das Generalgouvernement hatte eine Gesamtfläche von 142.000 km² mit etwa 12 Millionen Einwohnern. Im Osten grenzte es an die deutsch-sowjetische Teilungslinie an den Flüssen Bug und San, im Süden an Ungarn (Karpatoukraine) und die ein halbes Jahr zuvor gebildete selbständige Slowakische Republik sowie im Westen und Norden an das Deutsche Reich (preußische Provinz Schlesien, später Oberschlesien, Ostpreußen und den Reichsgau Wartheland). Die Grenze zur Slowakei war bereits am 21. September 1939 durch die Abtretung des polnischen Arwa-Zips-Gebietes zu deren Gunsten verschoben worden.
Dienstsitz des Generalgouverneurs Frank aus Berlin wurde zunächst die Stadt Lodsch (Łódź). Nach deren überstürzter Eingliederung in das Deutsche Reich am 9. November 1939 verlegte der Generalgouverneur seinen Sitz ab dem 26. Oktober 1939 auf den Wawel in Krakau.
Seit dem 31. Juli 1940 führte das Generalgouvernement für die besetzten polnischen Gebiete nur noch die Bezeichnung Generalgouvernement. Das Amt des Generalgouverneurs in Krakau bezeichnete sich nunmehr als Regierung des Generalgouvernements. Die bisherigen Distriktschefs erhielten die neue Bezeichnung Gouverneur. Die staatliche Gewalt lag beim Generalgouverneur und dem Vorsitzenden des Ministerrats für die Reichsverteidigung und Beauftragten für den Vierjahresplan, Reichsmarschall Hermann Göring. Darüber hinaus ermächtigte Hitler die obersten Reichsbehörden, direkt Anordnungen für das Generalgouvernement zu treffen.
Damit erhielten auch Heinrich Himmler und Reinhard Heydrich Eingriffsrechte in die Angelegenheiten des Generalgouvernements. In der Folgezeit erreichten diese über ihre Exekutivorgane de facto die alleinige Zuständigkeit, wenngleich sich Frank dagegen stemmte. Der polykratische Antagonismus zwischen Frank und Himmler blieb kennzeichnend für die Verwaltung des Generalgouvernements.
Die Grenzen der Distrikte wurden völlig neu bestimmt, wohingegen die Kreise im Wesentlichen ihre bisherigen Abgrenzungen behielten. Zur Jahreswende 1939/1940 wurden aus Mangel an deutschem Personal jeweils mehrere Landkreise zu größeren Verwaltungseinheiten zusammengefasst, welche die Bezeichnung „Kreishauptmannschaft“ oder „Stadthauptmannschaft“ erhielten. Sie wurden von deutschen Verwaltern (Kreis- oder Stadthauptkommissaren), insgesamt 130 Funktionären aus dem Altreich wie z. B. Fritz Schwitzgebel, regiert. Die Verwaltung der örtlichen Landgemeinden (= Sammelgemeinden mit mehreren Dorfgemeinden) lag in polnischer Hand.
Krakau, Lublin, Radom, Tschenstochau und Warschau wurden mit Beginn der deutschen Verwaltung Stadtkreise.
Am 13. Juli 1940 wurde nach Eingemeindungen in die deutsch gebliebenen Teile der Stadt Przemyśl westlich des San der Stadtkreis Deutsch-Przemysl gebildet, der bis dahin der Bezirkshauptmannschaft Jaroslau angehört hatte. Dieser wurde am 15. November 1941 nach Eingemeindung des bisher zum Distrikt Galizien gehörigen Ostteiles von Przemysl in Stadt Przemysl umbenannt, welche nunmehr als kreisangehörige Stadt Verwaltungssitz der neuen Kreishauptmannschaft Przemysl wurde.