Ein Gefängnis ist eine Anstalt zur Unterbringung von Untersuchungs- und Strafgefangenen sowie Sicherungsverwahrten. Des Weiteren bezeichnet der Begriff Gefängnis zumindest alltagssprachlich auch die Gefängnisstrafe selbst, so heißt es beispielsweise, auf eine Straftat stünden bis zu fünf Jahre Gefängnis. In Deutschland heißen Gefängnisse offiziell Justizvollzugsanstalt, in Österreich Justizanstalt und in der Schweiz Strafanstalt.
Ein Gefängnis besteht baulich in der Regel aus einem weitflächigen Areal mit äußeren Schutzeinrichtungen (Zaunanlage oder Mauer mit Wachtürmen) sowie im Inneren aus Gebäuden zur Unterbringung der Gefangenen, des Wachpersonals sowie zur Aufnahme von Sozialeinrichtungen. Die gut einsehbaren Freiflächen dienen nicht nur zum zeitweisen Aufenthalt der Häftlinge im Freien, sondern auch zur besseren Überwachung der Zaunzugänge.
Als Strafinstitution wird das Gefängnis seit längerem in Frage gestellt. Schon Gustav Radbruch hatte in der dritten Auflage seiner Rechtsphilosophie vorherzusehen gemeint, „dass die Entwicklung des Strafrechts über das Strafrecht einstmals hinwegschreiten und die Verbesserung des Strafrechts nicht in ein besseres Strafrecht einmünden wird, sondern in ein Besserungs- und Bewahrungsrecht, das besser als Strafrecht, das sowohl klüger wie menschlicher als das Strafrecht wäre“ (1932). Auf das Gefängnis übertragen bedeutete dies dessen Infragestellung als Strafinstitution (Abolitionismus).
Gefängnis war früher eine offizielle Bezeichnung des deutschen Strafrechts: bis zur Neuregelung durch die Große Strafrechtsreform 1970 Gefängnis offiziell eine besondere Art der Freiheitsentziehung im Unterschied etwa zu Zuchthaus und Arbeitshaus. Heute heißen Gefängnisse in Deutschland Justizvollzugsanstalt, in Österreich Justizanstalt und in der Schweiz je nach Kanton oder Funktion Strafanstalt, Justizvollzugsanstalt oder Gefängnis. In Liechtenstein ist das Landesgefängnis die einzige Hafteinrichtung.
Daneben gibt es zahlreiche weitere umgangssprachliche Ausdrücke: Knast (vom jiddischen knassen für „bestrafen“), Kittchen, Kiste, Kahn und Bau, in Österreich auch Kriminal, Häfen, Zieglstadl oder Tschumpus (von tschechisch žumpa „Jauchegrube“). Dazu kommen zahlreiche idiomatische Wendungen: Die Häftlinge („Knackis“, „Häfenbrüder“) im Gefängnis „sitzen“ oder „sitzen ein“, im heutigen Strafvollzug zwar nicht mehr „bei Brot und Wasser“, aber immer noch „hinter Gittern“ bzw. „hinter schwedischen Gardinen“, und atmen daher „gesiebte Luft“. Früher wurde in einigen Gegenden das Gefängnis Büttelei genannt, weil es unter der Aufsicht des Büttels stand, der häufig auch seine Wohnung dort hatte.
Gefängnisse gab es bereits im Altertum, ihre Funktion und Bedeutung unterschied sich jedoch stark von heutigen Gefängnissen. Tatsächlich spielte die Inhaftierung von Kriminellen bis zum Beginn der Neuzeit nur eine untergeordnete Rolle im Strafenkatalog. Stattdessen wurde eine Vielzahl verschiedener Sanktionen verhängt, etwa Bußgelder, Schandstrafen (Pranger), Verbannung aus der Stadt (vor allem gegen Landstreicher und Kleinkriminelle), drakonische Körperstrafen (Prügelstrafen, Abhacken von Gliedmaßen, Blendung, Abschneiden der Ohren, …) oder Todesstrafen (Enthaupten, Erhängen, Verbrennen, Rädern), die meist öffentlich vollzogen wurden.
Freiheitsentzug als eigenständige Strafe existierte im Grunde nicht, Menschen wurden meist nur temporär in Gefängnisse gesperrt, entweder im Sinne einer Untersuchungshaft oder bis sie ihre eigentliche Strafe erhielten.
In erster Linie dienten Gefängnisse also der Sicherung, etwa um Angeklagte bis zum Beginn ihrer Verhandlung festzuhalten oder Verurteilte bis zur Vollstreckung ihrer Todesstrafe. Ein prominentes Beispiel ist Sokrates, der die Zeit bis zu seiner Hinrichtung im Gefängnis verbrachte. Ein prominenter Inhaftierter der römischen Gefängnisse ist der Apostel Paulus, der mehrere Gefängnisaufenthalte unter römischen Beamten erlitt, darunter etwa zwei Jahre lang in Cäsarea, um immer wieder verhört zu werden, bis er schließlich in Rom vom Kaiser persönlich befragt und letztendlich zum Tode verurteilt wurde. Die Bibel erzählt stellenweise darüber, ebenso antike Historiker. Auch Schuldner wurden inhaftiert, bis sie ihre Gläubiger bezahlt hatten (siehe auch Schuldgefängnis). Noch im 19. Jahrhundert bestanden in England bis zu 50 Prozent der Gefängnisinsassen aus Schuldnern.
Im Mittelalter dienten als Gefängnisse häufig Burgverliese, Keller von Rathäusern oder Türme, die Teil der Stadtmauern waren. Eine andere Form von Freiheitsentzug außerhalb von Gefängnissen bestand in Zwangsarbeit, etwa in Bergminen oder auf Galeeren. Mit der Entdeckung neuer Kontinente zu Beginn der frühen Neuzeit wurden Straftäter auch nach Übersee in die neugegründeten Kolonien verbannt.
Gefängnisse waren nicht selten Orte der peinlichen Befragung, die vom 13. bis ins 18. Jahrhundert von der Inquisition, später auch von Blutgerichten, angewendet wurde, um Geständnisse zu erwirken (vgl. Urgicht). Über Ketzer verhängte Todesstrafen konnten in manchen Fällen (etwa wenn die Angeklagten widerriefen) in lebenslängliche Haft umgewandelt werden.
Erst im späten 16. Jahrhundert entstanden in vielen europäischen Ländern die ersten Vorläufer moderner Gefängnisse in Form von Arbeitshäusern und Zuchthäusern. Eine der ersten Einrichtungen dieser Art war das Arbeitshaus im Schloss Bridewell, das Eduard VI. Im Jahr 1555 auf Betreiben der anglikanischen Kirche einrichtete. Es wurde zum Vorbild für ähnliche Arbeitshäuser, die im englischsprachigen Raum oft „bridewells“ genannt wurden. In Amsterdam entstanden 1596 das Rasphuis und 1597 das Spinhuis als Arbeitshäuser für Männer bzw. Frauen, 1615 in Bern das Schallenhaus, das erste Gefängnis in der Schweiz. Ein Großteil der Insassen von Arbeits- und Zuchthäusern waren jedoch nicht Kriminelle, sondern vor allem Bettler und Landstreicher, also soziale Randgruppen, die in der Öffentlichkeit Anstoß erregten.
Durch die Reformation hatte sich das Verhältnis der Gesellschaft zur Armut geändert: Galt Armut einst als gottgegebenes Schicksal, das durch Almosen gemildert werden musste, sah insbesondere der Calvinismus Armut als selbstverschuldet an. Im Zuge der moralischen Erneuerung der Reformation stand zudem die Bekämpfung von Lastern verstärkt im Fokus der Gesellschaft. Daher waren Zuchthäuser gewissermaßen „moralische Gefängnisse“, in denen auch Trunkenbolde, Prostituierte und Ehebrecher eingesperrt wurden und sich durch harte Arbeit und religiösen Unterricht bessern sollten.
Ab Ende des 16. Jahrhunderts entstanden zahlreiche Zuchthäuser in Deutschland: 1588 in Nürnberg, 1609 in Bremen, 1613 in Lübeck, 1622 in Hamburg, 1629 in Danzig, 1679 in Frankfurt, 1682 in München und 1712 Berlin. Oft wurden Arbeits- und Zuchthäuser von Familien geleitet, die von der billigen Arbeit der Insassen sowie von öffentlichen Zuschüssen lebten. Arbeitshäuser für Frauen wurden häufig „Spinnhäuser“ genannt, denn in ihnen wurde vor allem gewoben, gesponnen und Kleidung genäht.
Im Laufe der Zeit entwickelten sich die Zuchthäuser immer mehr zu „normalen“ Gefängnissen, in denen auch tatsächliche Verbrecher eingesperrt wurden. Gleichzeitig verwahrlosten die Gefängnisse, die sich häufig selber finanzieren mussten, im 17. und 18. Jahrhundert immer mehr. Die zahlreichen Todes- und Körperstrafen waren in Folge der Reformation und später der Aufklärung immer stärker kritisiert worden, was zu einem Rückgang dieser Strafen geführt hatte. Gefängnisse galten als humane Alternative, was jedoch zu steigender Überfüllung derselben führte.
Eine erste umfassende Kritik sowie Reformvorschläge für das Gefängniswesen schlug der englische Calvinist John Howard vor: 1773 wurde er High Sheriff von Bedfordshire, als solcher war er auch für die lokalen Gefängnisse zuständig. Howard war von den dort herrschenden Zuständen entsetzt, seine Beschwerden an die übergeordneten Behörden zeigten jedoch keine Wirkung. In den folgenden Jahren unternahm Howard viele Reisen durch Großbritannien und Kontinentaleuropa, auf denen er zahlreiche Gefängnisse besichtigte. 1777 veröffentlichte er das Buch The State of the Prisons in England and Wales, in dem er die damaligen Gefängnisse folgendermaßen beschrieb: „(…) Kloake, Verbrecherschule, Bordell, Spielhölle und Schnapskneipe, nur nicht eine Anstalt im Dienste des Strafrechts und der Verbrechensbekämpfung.“