Hermann Gustav Ernst von Windheim (* 6. Juni 1891 in Ragnit, Preußisch Litauen; † 31. Januar 1945, nach anderen Angaben 1946) war ein deutscher Verwaltungsjurist in Preußen.
Seine Familie gehörte seit dem 14. Jahrhundert zu Hannovers Patriziern und ging um 1750 in den Adel über. Seine Eltern waren Hubert Ludwig (Louis) von Windheim und Klara von Gottberg (1867–1951), Tante des späteren SS-Generals Curt von Gottberg und Tochter der Ferdinande von Wernsdorff-Popelken und des Gutsherrn Gustav von Gottberg auf Preußisch-Wilten. Die Mutter lebte als Witwe bis zuletzt in Potsdam.
Der Vater war kgl. preuß. Wirklicher Geheimer Rat und Oberpräsident, zuletzt a. D. Windheim hatte Geschwister, Nichten und Neffen. Seine ältere Schwester Maria war seit 1910 mit Freiherr Wilhelm von Gayl verheiratet, seine Schwester Paula mit dem Gutsherrn Karl von Boddien-Leißienen. Die Brüder Ernst und Ludwig von Windheim waren Leutnants, zuletzt a. D.
Windheim studierte an der Georg-August-Universität Göttingen Rechtswissenschaft. 1911 wurde er im Corps Bremensia recipiert. Nach den Examen war er 1921 als Regierungsassessor bei der Regierung in Schleswig. 1922 war er bei der Haupthandelsgesellschaft Königsberg i. Pr. Er wechselte dann zum Landrat im Kreis Solingen. 1925–1930 war er Regierungsrat bei der Regierung in Frankfurt. 1930/31 vertrat er den Landrat im Kreis Guhrau, Provinz Schlesien. Zurück in der Provinz Brandenburg, wurde er zum Landrat im Kreis Guben ernannt. Dort amtierte er als Landrat, bis er nach der Machtübernahme der NSDAP am 5. Mai 1933 in den einstweiligen Ruhestand versetzt wurde. Im politischen Nachgang beklagte sich 1934 der NS-Propagandist Gerhard Rühle über Windheims demokratische Einstellung gegen die SA im Kreis Guben.
Windheim der nach einem der engsten Mitarbeiter des Franz von Papen, Walther Schotte, noch 1932 Arbeitsdienstlager in seiner Heimatregion befürwortete, war Mitglied der Deutschen Demokratischen Partei und blieb in der zur Deutschen Staatspartei umbenannten Partei. Ernst von Windheim war zuletzt Oberleutnant d. R. und Mitglied der Deutschen Adelsgenossenschaft.
1924 heiratete Ernst von Windheim in Berlin die aus Köln stammende Anna Marta Engelhertha Auer, sie hatten eine 1934 geborene Tochter Ulrike.
Reinhold Zilch, Bärbel Holtz: Die Protokolle des Preußischen Staatsministeriums 1817–1934/38. Band 12/II. In: Acta Borussica. Neue Folge. Berlin-Brandenburgische Akademie der Wissenschaften, Olms-Weidmann, Hildesheim 2003, S. 730 (Online; PDF; 2,2 MB).
Gothaisches Genealogisches Taschenbuch der Adligen Häuser. Zugleich Adelsmatrikel der D.A.G. Teil B (Briefadel). 1941. 33. Jg., Justus Perthes, Gotha 1940, S. 564–565. Siehe: FamilySearch (Kostenfrei).