Ernst Friedrich Freiherr von Schlotheim (* 2. April 1764 in Allmenhausen; † 28. März 1832 in Gotha) war ein deutscher Geologe, Paläontologe, Mineraloge und hoher herzoglich-gothaischer Beamter. Er gilt als einer der Begründer der wissenschaftlichen Paläobotanik. Seine Beobachtung, dass bestimmte fossile Arten an bestimmte Gesteinsschichten gebunden sind, gehört zu den Grundlagen der Biostratigraphie. Sein offizielles botanisches Autorenkürzel lautet „Schloth.“
Ernst Friedrich von Schlotheim wurde 1764 als Sohn des herzoglich-gothaischen Beamten Ernst Heinrich Ludwig von Schlotheim (1736–1797) und dessen Ehefrau Friederike Eberhardine von Stangen geboren. 1772 wurde der erst 22-jährige Johann Georg August Galletti von der Familie als Hauslehrer für die beiden älteren Söhne Ernst Friedrich und Carl Ludewig angestellt. Die Familie zog 1776 von Allmenhausen nach Gräfentonna, nachdem sein Vater herzoglicher Amtshauptmann des Amtes Tonna geworden war. Nach der Berufung Galettis 1778 als Lehrer an das Gothaer Ernestinum erfolgte der Unterricht bis 1779 durch einen anderen Hauslehrer, den späteren Molschlebener Pfarrer Johann Christian Credner (1752–1817). Von 1779 bis 1782 besuchte Schlotheim das Ernestinum in Gotha.
Ab 1782 studierte er an der Universität Göttingen vor allem Rechtswissenschaften und Kameralwissenschaft, beschäftigte sich daneben jedoch intensiv mit den Naturwissenschaften. Prägend wurde insbesondere der Naturforscher und Anthropologe Johann Friedrich Blumenbach, bei dem Schlotheim Naturgeschichte hörte.
Schlotheim war Freimaurer. Durch seinen Vater fand er 1782 Aufnahme in die Göttinger Freimaurerloge Augusta zu den drei Flammen, wo er im Jahre 1783 zum Gesellen befördert wurde. 1786 wurde er auf Betreiben seines Vaters in die Gothaer Loge Ernst zum Kompaß aufgenommen und dort zum Meister befördert. 1787 trat er, ebenfalls auf Betreiben seines Vaters, dem nur in Gotha noch bestehenden Illuminatenorden bei und führte dort den Ordensnamen Xenophon. Schlotheim stand dadurch in enger Verbindung zum Superior der Gothaer Illuminaten Christian Georg von Helmolt, dessen Sohn Carl Friedrich Ernst von Helmolt zu seinem Freundeskreis gehörte. 1798 heiratete Schlotheim Helmolts Tochter Christiane von Helmolt (1766–1825). Das Paar hatte drei Kinder.
Bereits während der Studienzeit begann er, Mineralien und Versteinerungen zu sammeln. 1791/92 setzte Schlotheim seine naturwissenschaftlich-montanistische Ausbildung an der Bergakademie Freiberg fort, wo er unter anderem bei Abraham Gottlob Werner studierte. Praktische Kenntnisse erwarb er bei Besuchen von Bergwerken und Hüttenbetrieben, unter anderem 1792 im Harz und 1793 im mitteldeutschen Kupferschieferrevier.
1793 trat Schlotheim als Beisitzer in das gothaische Kammerkollegium ein. 1805 wurde er Kammerrat und 1817 Präsident des Kammerkollegiums. Im April 1817 hielt sich Schlotheim in Jena auf und traf dort Johann Wolfgang von Goethe, mit dem er sich über seine paläontologischen Forschungen austauschte. Goethe vermerkte am 28. April 1817 in seinem Tagebuch: „Herr Kammerpräsident von Schlotheim, besonders über Fossilien gesprochen.“
Neben Aufgaben im Berg-, Hütten- und Schmelzwesen war er in Gotha später auch für die herzoglichen naturwissenschaftlichen Sammlungen, die Bibliothek und das Münzkabinett zuständig. 1822 wurde er Oberaufseher der neu geordneten herzoglichen Sammlungen und 1828 zum Oberhofmarschall des Herzogtums Sachsen-Coburg und Gotha ernannt. Im selben Jahr erlitt er einen schweren Schlaganfall und musste sich zunehmend aus dem Berufsleben zurückziehen.
Schlotheim war Mitglied zahlreicher wissenschaftlicher Gesellschaften. 1808 wurde er korrespondierendes Mitglied der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, am 15. August 1811 wurde er Mitglied der Akademie gemeinnütziger Wissenschaften zu Erfurt. 1823 wurde er Mitglied der Leopoldina und der Königlich Dänischen Akademie der Wissenschaften. 1827 wurde er Ehrenmitglied der Preußischen Akademie der Wissenschaften.
Schlotheims wissenschaftliche Arbeit entwickelte sich aus seiner umfangreichen privaten Sammlung von Mineralien, Pflanzen- und Tierfossilien. Besonders die Fossilfundstellen Thüringens, darunter die Pflanzenreste des Rotliegenden aus dem Umfeld des Steinkohlenbergbaus bei Manebach, lieferten ihm wichtiges Untersuchungsmaterial.
Mit der 1804 erschienenen Beschreibung merkwürdiger Kräuter-Abdrücke und Pflanzen-Versteinerungen gehörte Schlotheim zu den ersten Forschern, die fossile Pflanzen systematisch mit rezenten Pflanzenformen verglichen. Aus der Zusammensetzung der fossilen Flora schloss er unter anderem auf ein gegenüber der Gegenwart wärmeres Klima. Aufgrund dieser Arbeiten gilt er neben Kaspar Maria von Sternberg als einer der Begründer der wissenschaftlichen Paläobotanik. Schlotheims größte Leistung ist die Anwendung des Aktualismus in der Paläontologie.
In seinen Beyträgen zur Naturgeschichte der Versteinerungen in geognostischer Hinsicht ordnete er Fossilien nach ihrem geologischen Vorkommen. Schlotheim erkannte, dass zahlreiche fossile Arten charakteristisch an bestimmte Gesteinsschichten gebunden sind. Damit formulierte er unabhängig von vergleichbaren Beobachtungen William Smiths eine wesentliche Voraussetzung der späteren Leitfossilkunde. Auch die Beobachtung, dass gleichaltrige Gesteinsschichten je nach Ablagerungsraum unterschiedlich fossilreich sein können, nahm Elemente des späteren Faziesbegriffs vorweg.
Sein Hauptwerk Die Petrefactenkunde auf ihrem jetzigen Standpunkte erschien 1820. Es beruhte wesentlich auf seiner eigenen Sammlung und behandelte fossile Pflanzen und Tiere nach systematischen und stratigraphischen Gesichtspunkten. Schlotheim verwendete für fossile Arten konsequent binäre Namen nach dem Vorbild der Linnéschen Nomenklatur. Besondere Bedeutung erlangte das Werk für die Erforschung der Fossilien des Muschelkalks.
Schlotheim stand der streng katastrophistischen Deutung der Erdgeschichte, wie sie insbesondere von Georges Cuvier vertreten wurde, nicht vorbehaltlos gegenüber. Er erwog, dass sich Arten während langer Zeiträume unter dem Einfluss klimatischer und anderer Umweltbedingungen verändern könnten. Seine Deutung eines möglichen langsamen Artwandels im Laufe der Erdgeschichte durch klimatische Ursachen macht ihn damit zu einem Vordenker der Evolutionstheorie. Dies ist jedoch nicht mit der späteren Evolutionstheorie im darwinistischen Sinn gleichzusetzen.
Anthropolithen und frühe Menschenfunde
Von besonderer wissenschaftsgeschichtlicher Bedeutung war Schlotheims Beschäftigung mit vermeintlich fossilen Menschenresten. Für solche Funde verwendete er die damals gebräuchliche Bezeichnung „Anthropolithen“. Bereits 1818 behandelte er in seinem Aufsatz Der Kalktuff als Glied der aufgeschwemmten Gebirgsformation menschliche Schädel und Knochen aus Kalktuffablagerungen, darunter Funde von Bilzingsleben und aus Robschütz bei Meißen.
In seiner Petrefactenkunde von 1820 stellte Schlotheim die Menschenreste an den Beginn des systematischen Teils und widmete ihnen das Kapitel „I. Anthropolithen“. Dort behandelte er vermeintlich fossile Menschenknochen aus Cannstatt, Bilzingsleben, Meißen und Guadeloupe sowie besonders ausführlich Funde aus der Umgebung von Köstritz. In den Nachträgen zur Petrefactenkunde von 1822 griff er die Köstritzer Funde erneut auf. Die Köstritzer „Anthropolithen“ besitzen deshalb besondere Bedeutung für die Geschichte der Paläoanthropologie: Schlotheim gehörte zu den frühen Naturforschern, die die Möglichkeit eines Menschen aus geologisch älteren Zeitabschnitten ernsthaft diskutierten, zu einer Zeit, als die Existenz eines fossilen Menschen noch grundsätzlich umstritten war.
Ein Teil der von Schlotheim gesammelten Köstritzer Menschenknochen ist bis heute im Museum für Naturkunde Berlin erhalten. Radiokarbondatierungen zeigten allerdings, dass diese Menschenreste nicht gleichzeitig mit den pleistozänen Tierknochen abgelagert worden waren. Auch der von Schlotheim 1818 erwähnte, von Kalk überzogene menschliche Schädel aus Bilzingsleben gehört in diese frühe Diskussion um fossile Menschenreste. Das Stück ist heute nicht mehr auffindbar, so dass seine genaue Herkunft innerhalb der dortigen Travertinabfolge und sein Alter nicht mehr überprüft werden können.