Ernst Friedrich Zwirner (* 28. Februar 1802 in Jakobswalde, Landkreis Cosel (Oberschlesien); † 22. September 1861 in Köln) war ein deutscher Architekt und Kölner Dombaumeister.
Zwirner besuchte bis 1821 die Bauschule zu Breslau, anschließend bis 1828 die königliche Bauakademie und die Universität zu Berlin. Bald darauf trat er in Berlin als Schüler Karl Friedrich Schinkels als „Hilfsarbeiter“ in die königliche Oberbaudeputation ein. Im Jahr 1830, als Schinkel die Leitung der Oberbaudeputation erhielt, bestand Zwirner das Landbaumeisterexamen. Mit diesem formellen Befähigungsnachweis wurde er von Schinkel in der Oberbaudeputation angestellt. In den Jahren 1829 bis 1831 errichtete Zwirner in Kolberg nach Schinkels Entwurf das Rathaus und nach eigenem Plan die 1834 fertiggestellte reformierte Kirche.
Am 14. August 1833 übernahm er – nach dem Tode seines Vorgängers Friedrich Adolf Ahlert – als Dombaumeister die Leitung der Bauarbeiten am Kölner Dom. Zu dieser Position hatte ihn die staatliche Bauverwaltung in Berlin vorgesehen. Als Protestant hatte er anfangs Befürchtungen, auf örtliche Bedenken zu stoßen.
Durch seine Leitung nahm der Dombau rasch einen neuen Aufschwung. Sein besonderes Verdienst ist die Organisation der Bauhütte des Domes, aus der viele mit den Grundregeln der Gotik gründlich vertraute jüngere Baumeister hervorgingen. 1841, nach Abschluss der Restaurierungsarbeiten, legte Zwirner König Friedrich Wilhelm IV. die Pläne für die Vollendung des Domes vor, die dieser akzeptierte. Mit seiner 1842 erschienenen Schrift Vergangenheit und Zukunft des Kölner Dombaues begeisterte er nicht nur König Wilhelm, sondern ganz Deutschland für die Vollendung des Doms. Die Katholische Enzyklopädie von 1913 nennt Zwirner „einen der feinsten Kenner des mittelalterlichen Stils“; dennoch bemängelte sie, dass bei seiner Arbeit am Dom „Monotonie des Entwurfs“ sichtbar werde.
Unter Zwirners Leitung wurde bis 1855 das Querhaus mit seinen beiden Fassaden, anschließend der Obergaden des Langhauses errichtet und gewölbt sowie der Unterbau des Nordturms begonnen. Er setzte durch, dass der Dachstuhl des Langhauses nicht in Holz, sondern mit schmiedeeisernen Walzprofilen ausgeführt wurde. Sein damaliger Assistent und späterer Nachfolger Richard Voigtel entwarf die Eisenkonstruktion. 1860 wurde der gusseiserne Vierungsdachreiter vollendet. Die eigentliche Vollendung des Kirchenraums im Jahr 1863, als die Trennmauer zum Hochchor entfernt wurde, erlebte Zwirner nicht mehr.
1853 wurde Zwirner in Köln zum Geheimen Regierungs- und Baurat ernannt. Zwirner war Mitglied der Gesellschaft Deutscher Naturforscher und Ärzte.
Nach seinem Tod am 22. September 1861 erschien das Domblatt, die Vereinszeitschrift des Dombauvereins, mit schwarzer Umrandung der Titelseite – eine Ehre, die außer Zwirner bis dahin nur der im selben Jahr zuvor verstorbene König Friedrich Wilhelm IV. erhalten hatte.
Bis zu seinem Tode war Zwirner Dombaumeister. Beigesetzt wurde er auf dem Melaten-Friedhof (Lage: HWG zwischen Lit. K und Lit. L).
Der Dombau wurde nach seinen Plänen von seinem ehemaligen Stellvertreter und Nachfolger Richard Voigtel vollendet. Anfänglich dem klassizistischen Stilgefühl noch nahestehend, zeigte er sich in seinen eigenen Bauten dann als Vertreter eines neugotischen Historismus.
Im Kölner Severinsviertel im Stadtteil Altstadt-Süd ist die Zwirnerstraße nach ihm benannt. Mit dem Schriftsteller Johann Peter Balthasar Kreuser war er freundschaftlich verbunden.
1832–1834: Hauptgebäude der Universität Halle-Wittenberg in Halle (mit Wilhelm Heinrich Matthias)
1837: Grabmonument für Friedrich Leopold Freiherr von Fürstenberg in Kirchhundem-Oberhundem
1838: Herrenhaus auf dem Gelände von Haus Orr
1839–1843: Apollinariskirche in Remagen, im Auftrag von Franz Egon von Fürstenberg-Stammheim
1840: Wiederaufbau des Rolandsbogens der Burg Rolandseck bei Remagen
1840–1844: Teil-Neubau der Kirche St. Dionysius in Krefeld
1842: Herrenhaus Fürstenberg bei Xanten
1842–1861: Weiterbau des Kölner Doms im Auftrag von Friedrich Wilhelm IV.