Erik Ludvigsen Pontoppidan, zur Unterscheidung von seinem Großonkel Erik Pontoppidan dem Älteren meist mit dem Zusatz den Yngre (der Jüngere), (* 24. Augustjul. / 3. September 1698greg. in Aarhus; † 20. Dezember 1764 in Kopenhagen) war ein dänischer Theologe, Prediger, Historiker und Autor.
Pontoppidan stammte als Sohn des Pastors Ludvig Pontoppidan aus einer dänischen Pastorenfamilie. Er wurde mit zehn Jahren Vollwaise und wuchs bei Verwandten auf. Ab 1716 studierte er Theologie an der Kopenhagener Universität und legte schon 1718 sein Examen ab. Anschließend betätigte er sich als Hauslehrer in Kristiania sowie als Hofmeister des Adligen Claus Huitfeldt bei dessen Reise in die Niederlande und nach England. 1721 wurde er Erzieher von Friedrich Karl, der 1722 Herzog von Holstein-Plön wurde; 1723 wurde er Prediger auf dessen Schloss Nordborg. Dort kam er in Kontakt mit dem deutschen Pietismus.
Als Pastor war Pontoppidan 1726 bis 1734 in Havnbjerg nahe Nordborg auf Alsen tätig. In dieser Zeit verfasste er seine ersten Schriften, in denen er den Pietismus gegen die lutherische Orthodoxie verteidigte. In derselben Zeit erschienen seine ersten topographischen und historischen Werke, aus denen Jahrzehnte später sein Hauptwerk Den Danske Atlas eller Konge-Riget Dannemark erwuchs, das erst nach seinem Tod vollendet wurde.
König Christian VI., der den Pietismus förderte, berief ihn 1734 zum Pastor in Hillerød und noch im selben Jahr zum Schlossprediger von Schloss Frederiksborg in Hillerød. Schon 1735 stieg er zum dänischen Hofprediger in Kopenhagen auf. Im Jahre 1738 wurde er zusätzlich außerordentlicher Professor der Theologie, 1742 Mitglied der Königlich Dänischen Akademie der Wissenschaften. 1760 wurde er Ehrenmitglied der Russischen Akademie der Wissenschaften in St. Petersburg.
Im königlichen Auftrag erarbeitete er 1737 einen Katechismus mit dem Titel Sandhed Til Gudfrygtighed (wörtlich „Wahrheit zur Gottesfurcht“; als „Anweisung zum Erkenntniß der Wahrheit zur Gottseligkeit, in einer deutlichen Erklärung über Martin Luthers Kleinen Katechismus“ auch ins Deutsche übersetzt), und 1740 ein Gesangbuch, das Nye Psalme-Bog. Beide Bücher legten ein Hauptgewicht auf die Sündenlehre und die Notwendigkeit von Reue und Buße. Durch sie wurde der Pietismus in Schleswig-Holstein, Dänemark und – besonders nachhaltig – in Norwegen verbreitet. Daneben verfasste Pontoppidan auch historische Werke sowie den Roman Menoza.
Nach dem Tod von König Christian VI. wurde Pontoppidan 1747 Bischof von Bergen. Hier förderte er vor allem die Ausbildung, z. B. durch die Gründung des Seminarium Fredericianum 1752, in der die realen Fächer und neueren Sprachen im Vordergrund stehen sollten. Sein Glossarium Norvagicum von 1749 war eins der ersten dänisch-norwegischen Wörterbücher. Der Erforschung der norwegischen Flora und Fauna diente sein Det første Forsøg paa Norges naturlige Historie (zwei Bände 1752/53).
1755 kehrte Pontoppidan nach Kopenhagen zurück, weil er zum Prokanzler der Universität berufen worden war. Seine wissenschaftlichen Arbeiten dieser Zeit waren sowohl der Topographie (z. B. Den Danske Atlas, zwei Bände 1763/64) als auch der Theologie gewidmet.
Er ist einer von 18 verdienten Dänen, die auf dem Obelisk auf Skamlingsbanken namentlich genannt werden.
Dialogus; oder Unterredung Severi, Sinceri, und Simplicis von der Religion (1726)
Heller Glaubensspiegel in welchem die Kennzeichen der Kinder Gottes vorgestellt werden. Frankfurt und Leipzig 1727.
Troens Speyl, Forestillende Guds Børns Kiende-Tegn. København 1740.
Theatrum Daniae veteris et modernae. Bremen 1730.
Kurzgefaßte Reformations-Historie der dänischen Kirche. Lübeck 1734 Digitalisat.
Kort Forestilling af de store Velgierninger. Kopenhagen 1736.
Everriculum fermenti veteris (1736)
Sandhed Til Gudfrygtighed, Udi En enfoldig og efter mulighed kort, dog tilstrækkelig Forklaring over Dr. theol. Martin Luthers Lille Katekismus. Kopenhagen 1737
Anweisung zum Erkenntniß der Wahrheit zur Gottseligkeit, in einer deutlichen Erklärung über Martin Luthers Kleinen Katechismus, zum Gebrauch in den Kirchen und Schulen des Herzogthums Schleswig, des Herzogthums Holstein. Altona 1741 Digitalisat der 15. Auflage 1770 (Universitätsbibliothek Kiel)
Sannleiki Gudhraedslunnar. 1759.