Charles Lucien Jules Laurent Bonaparte (* 24. Mai 1803 in Paris; † 29. Juli 1857 ebenda) war ein italienischer Zoologe, Ornithologe und Politiker. Er war der Sohn von Lucien Bonaparte (1775–1840) und der Neffe von Kaiser Napoléon Bonaparte (1769–1821). In der Zoologie wird für ihn das Autorenkürzel C. L. Bonaparte verwendet.
Prinz Charles Bonaparte wuchs in Italien auf. Nachdem er seine Cousine, Prinzessin Zénaïde Laetitia Julie Bonaparte, am 29. Juni 1822 in Brüssel geheiratet hatte, zog er in die Vereinigten Staaten.
Bonaparte korrigierte und vervollständigte Wilsons American Ornithology und publizierte diese Arbeit 1825–1833. Im Jahr 1824 versuchte er, den bis dahin unbekannten John James Audubon an die Academy of Natural Sciences zu bringen, doch der Ornithologe George Ord lehnte seinen Aufnahmeantrag ab.
Bonaparte kehrte mit seiner Familie 1826 nach Europa zurück, wo er sich 1828 in Rom niederließ. Von 1832 bis 1841 publizierte er ein Werk über die Fauna Italiens, Iconografia della Fauna Italica.
Im Jahre 1840 erbte er nach dem Tode seines Vaters den Titel Principe de Canino e Musignano. Canino war der Besitz seines Vaters in der heutigen Provinz Viterbo in Italien und die Burg Musignano seine bevorzugte Residenz in der Nähe des Dorfes. Er schloss sich 1848 einer radikalen Partei an, der Pro-Nationalistischen Bewegung, und wurde 1849 Abgeordneter der Provinz Viterbo. Im selben Jahr nahm er das Amt des Vizepräsidenten des Parlaments an. Nach dem Scheitern des italienischen Aufstandes im Juli 1849 ging er wegen seiner politischen Mitgliedschaft in der Pro-Nationalistischen Bewegung ins Exil.
Bonaparte ließ sich 1850 in Paris nieder. Neben seiner Frau unterhielt er eine Liebesbeziehung zu Donna Marie Said-Testaferrata (1820–1848), mit der er einige Nachkommen hatte. Ab 1854 bis zu seinem Tode war er Direktor des Jardin des Plantes, des Pariser Botanischen Gartens.
Bonaparte heiratete 1822 Zénaïde Laetitia Julie Bonaparte (1801–1854), die älteste Tochter von Joseph Bonaparte (1768–1844). Zusammen hatten sie acht Kinder:
Joseph Lucien Charles Napoléon Bonaparte (1824–1865), seit 1857 der 3. Principe de Canino e Musignano
Alexandrine Gertrude Zénaïde Bonaparte (* 9. Juni 1826; † Mai 1828)
Lucien-Louis-Joseph-Napoleon Bonaparte (1828–1895), Kardinal, seit 1865 der 4. Principe de Canino e Musignano
Julie Charlotte Bonaparte (1830–1900)
Charlotte Honorine Joséphine Pauline Bonaparte (1832–1901)
Léonie Stéphanie Elise Bonaparte (1833–1839)
Marie Désirée Eugénie Joséphine Philomène Bonaparte (1835–1890)
Augusta Amélie Maximilienne Jacqueline Bonaparte (1836–1900)
Aus Bonapartes Liebesbeziehung zu Marie Said-Testaferrata (1820–1848) brachte er vier weitere Kinder in seine Ehe mit ein, die als legitime Nachkommen von Charles und Zénaïde galten:
Napoléon Charles Grégoire Jacques Philippe Bonaparte (1839–1899), seit 1895 der 5. Principe de Canino e Musignano
Bathilde Aloïse Léonie Bonaparte (1840–1861)