Borneo ist eine Insel im Malaiischen Archipel in Südostasien. Mit einer Fläche von knapp 752.000 km² ist sie nach Grönland und Neuguinea die drittgrößte Insel der Welt, die größte Insel Asiens und doppelt so groß wie Deutschland. Borneo ist aufgeteilt zwischen den drei Staaten Indonesien, Malaysia und Brunei und damit die Insel mit den meisten souveränen Staaten.
In Indonesien wird die ganze Insel Kalimantan genannt. Teilweise wird die Bezeichnung Kalimantan im engeren Sinne auf den indonesischen Teil der Insel bezogen, unter anderem wegen der Benennung der fünf indonesischen Provinzen auf Borneo: Kalimantan Barat (West), Kalimantan Selatan (Süd), Kalimantan Timur (Ost), Kalimantan Utara (Nord) und Kalimantan Tengah (Zentral) ergeben insgesamt Kalimantan im Sinne von „indonesische Provinzen auf Borneo“.
Borneo liegt im Zentrum des gesamten Malaiischen Archipels. Ringsum liegen die Malaiische Halbinsel und Sumatra im Westen, Java und die Kleinen Sundainseln im Süden, Sulawesi im Osten und die Philippinen im Nordosten.
Umgebende Gewässer sind im Norden und Westen das Südchinesische Meer, im Süden die Javasee (die Verbindung ist die Karimata-Straße), im Osten die Straße von Makassar und die Celebessee sowie im Nordosten die Sulusee.
Nördlich Borneos liegt die malaysische Insel Banggi. Nordöstlich vorgelagert liegen die Turtle Islands, um die der Nationalpark Turtle Islands Park of Sabah 1976 etabliert wurde.
Borneo ist mit über 750.000 km² mehr als doppelt so groß wie Deutschland und auch größer als jedes andere europäische Land außer Russland. Die Küste der Insel ist insgesamt 4971 km lang und relativ unzugänglich, obwohl überwiegend flach, im Tief- oder auch Schwemmland.
Borneo liegt auf dem Äquator, der die Insel etwas südlich ihrer Mitte schneidet. Dem Klima entsprechend kann sich die natürliche Vegetation als tropischer Regenwald und ab einer bestimmten Höhe als Bergregenwald oder Nebelwald ausbilden. Auf der niedrigsten Höhe (an den Küsten) gehen die Wälder zum Teil direkt oder mit den Torfmoorwäldern als Zwischenzone in Mangrovensümpfe über. Damit ist Borneo, mit seinem Hügelland und niedrigeren Gebirgen (einige zu sumpfige oder zu hoch gelegene Bereiche ausgenommen) unter natürlichen Bedingungen das drittgrößte zusammenhängende Gebiet eines tropischen Tiefland-Regenwaldes der Erde, nach dem Amazonasgebiet und Zentralafrika (Kongobecken). Aus dieser Gegebenheit (und nicht etwa wie immer wieder erwähnt wird wegen der erschwerten Zugänglichkeit) resultiert auch die (traditionell; relativ) schwache Besiedlung.
Borneo profitiert nicht wie einige weitere Sundainseln vom Vulkanismus und weist deshalb weitestgehend nicht die typischen lessivierten oder sonst wenig fruchtbaren Tropenböden auf, auf denen die meisten tropischen Regenwälder stehen.
Diese dichten, als Wildnis erscheinenden Wälder sind jedoch nicht generell als Urwald zu betrachten, da schon die traditionellen Bewohner der Insel meist keine reinen Jäger und Sammler waren, sondern angepassten Brandrodungswanderfeldbau betrieben. Dieser ist bei geringer Bevölkerungsdichte für das Ökosystem zu vertragen, solange die Vegetation genug Zeit zur Regeneration hat und ausreichend große Rückzugsgebiete für sensible Arten bleiben. Bei schonender Bewirtschaftung ist es zum Teil schwierig zwischen Primär- und Sekundärwäldern zu unterscheiden (siehe auch Natürlichkeit von Wäldern). Seit den ersten Erschließungen der Kolonialzeit und mit den modernen Ausweitungen nicht nachhaltiger Nutzung und den Migrationen seit deren Ende haben sich diese Verhältnisse jedoch völlig gewandelt und die natürlichen Landschaften Borneos sind einer immer stärkeren Zerstörung ausgesetzt.
Die Oberfläche der Insel ist wenig gegliedert.
Es gibt eine lange Bergkette, die sich vom Nordosten der Insel, dem Kap Sampanmangio (Simpang Mengayau), bis zu ihrer südwestlichen Spitze, dem Kap Datu, erstreckt. Diese gliedert sich auf in das Irangebirge (Pegunongan Iran) in Sabah, Ober-Kapuas-Gebirge (Pegunongan Kapuas Hulu) auf der Grenze zwischen Sarawak und Kalimantan Barat, sowie in südwestlicher Richtung im Grenzgebiet zwischen den Provinzen Kalimantan Barat (Westkalimantan) und Kalimantan Timur (Ostkalimantan) beziehungsweise Kalimantan Tengah (Zentralkalimantan) anschließend das Müllergebirge (benannt nach dem Mainzer Major Georg Müller) und das Schwanergebirge (benannt nach dem Mannheimer Geologen Carl Schwaner). Im Südosten der Insel erstreckt sich das Meratusgebirge.
Die höchste Erhebung befindet sich im Nordosten der Insel, der Berg Kinabalu, mit 4095 m gleichzeitig der höchste Berg (des geographischen) Südostasiens. Er überragt alle weiteren Berge der Insel – wie auch sämtliche Vulkane des Sundabogens und des Malaiischen Archipels. Nur in Ozeanien, im Westteil Neuguineas, der von Indonesien eingenommen wurde, und im Himalaya Myanmars wird seine Höhe auf dem Gebiet südostasiatischer Staaten übertroffen. Granit und Schiefergebirge findet man insbesondere im Westen Borneos.
Am 5. Juni 2015 ereignete sich ein Erdbeben der Stärke 5,9 bis 6,0 im malaysischen Teil der Insel, das am Kinabalu Erd- und Felsrutsche und Steinschlag auslöste und zumindest 19 Menschen tötete.
Das größte Flusssystem Borneos ist der Kapuas in Westkalimantan mit einer Länge von 1143 km. Weitere große Flüsse sind der Mahakam in Ostkalimantan mit 980 km, der Barito in Süd-Kalimantan mit 880 km, der Rajang in Sarawak mit 562,5 km und der Sungai Kinabatangan mit 560 km.
Im Wesentlichen sind auch die Flusssysteme bestimmend für die Einteilung Borneos in Staaten und Provinzen. Grenzen bilden im Wesentlichen die Bergketten als Wasserscheiden mittig der Insel. Flüsse waren in der Geschichte Borneos auch die Verlängerung der Küsten-Einflusszonen der ringsum liegenden Sultanate, einst klassische Thalassokratien mit Fokus auf die Küste, Häfen, und die Herrschaft über das angrenzende Meer sowie über die Flüsse als Hauptverkehrswege.
Noch heute weist das Straßennetz Borneos große Lücken auf bzw. ist im Sinne eines „Netzes“ inexistent; nicht einmal eine rundum durchgehende Küstenstraße gibt es, da Indonesiens Nord-Provinz Kalimantan Utara praktisch keine Straßen in das malaysische Sabah hat.
Es gibt auf Borneo riesige Gebiete ohne Straßenanbindung. Daher sind seine Flüsse, befahren mit Langbooten mit starken Motoren, oft mit der Befähigung, auch Stromschnellen zu befahren, für den Verkehr in Landschaften abseits der Küsten sehr wichtig.
Im Norden sind der Küste die zum Distrikt Kudat gehörenden Inseln Pulau Balambangan, Pulau Banggi, Pulau Malawali und Pulau Matunggong vorgelagert, östlich davon die zum Distrikt Beluran gehörenden Inseln Pulau Jambongan und Pulau Tigabu, im Süden die zum Distrikt Semporna gehörenden Inseln Pulau Bohayan, Pulau Tabawan, Pulau Timbun Mata, Pulau Mata Pahi, Pulau Bohey Dulang und Pulau Omadal.