Die Übernahme von Danzig durch den Deutschen Orden am 13. November 1308 war ein wichtiges Ereignis in der Geschichte der Stadt Danzig, in dessen Folge die Stadt und der größere Teil des polnischen Herzogtums Pommerellen in den Ordensstaat eingegliedert wurde.
Danzig (Dantzike) war im 13. Jahrhundert eine multiethnisch bewohnte Hafenstadt nach Lübischem Recht, die von mehreren Feudalherren umkämpft war, nicht zuletzt durch die pommerellischen Herzöge untereinander.
Herzog Swantopolk II. „der Große“ herrschte von Danzig aus in den Jahren von 1220 bis 1266 über Pommerellen, ab 1227 faktisch souverän. Kaiser Friedrich II. bestätigte in einer Urkunde die brandenburgische Lehnshoheit über das Herzogtum Pommern der Greifen (aber nicht über das Herzogtum Pommerellen der Samboriden), diese wurde allerdings von den meisten pommerschen Herzögen aus der Greifen-Dynastie bestritten. Während Swantopolks II. Herrschaft wurde Danzig nach Lübischem Recht relokalisiert, wo sich schon auch deutsche Handels- und Kaufleute niedergelassen hatten.
Pommerellen geriet nach dem Tod von Swantopolk II. in Erbfolgekämpfe seiner Söhne und Brüder. So stützte sich sein Sohn Mestwin II. in der Frühphase seiner Herrschaft im Kampf gegen seine männliche Verwandtschaft auf die Askanier aus der Mark Brandenburg, seine Brüder bzw. Onkel suchten Beistand auch beim Deutschen Orden.
Die Mark Brandenburg erhielt in den Verträgen von Arnswalde 1269 und Dragebrücke 1273 von Herzog Mestwin II. lehnsherrschaftliche Anwartschaftsrechte über Teile von Pommerellen übertragen.
Nach Ansicht auch polnischer Historiker wurden diese Rechte jedoch 1282 durch den Vertrag von Kempen zwischen Mestwin II. und Herzogtum Großpolen in Frage gestellt. Konrad I., Markgraf von Brandenburg-Stendal, nahm im Auftrag von Mestwin II. 1271 Danzig ein, wurde aber 1272 aus dieser Stadt von Herzog Bolesław den Frommen von Großpolen, mit dem sich Mestwin II. gegen den Brandenburger zuvor verbündet hatte, vertrieben. 1282 erbte der Deutsche Orden die Stadt Mewe von Herzog Sambor II. und kam so auf die linke Seite des Weichselufers.
Kämpfe innerhalb der Dynastie der Samboriden, wie auch die wachsende Bedrohung seitens der Mark Brandenburg und des Deutschen Ordens führten ab 1278 zu einem engeren Anschluss Pommerellens an das polnische Herzogtum Großpolen. Als Mestwin II. 1294 ohne männliche Erben verstarb, fiel Danzig gemäß dem Vertrag von Kempen an den Herzog von Großpolen und König von Polen Przemysław II. Dieser relokalisierte Danzig nach dem Magdeburger Recht. Nach dessen Tod, 1296, übernahm sein Erbe der Herzog von Kujawien und späterer König von Polen Władysław I. Ellenlang, der aber 1299 vom böhmischen König Wenzel II. entmachtet und aus Polen vertrieben wurde.
Nach dem Mord am letzten Vorsteher der Przemysliden Wenzel III., 1306, konnte Władysław I. Ellenlang, der bereits 1304 aus dem ungarischen Exil nach Polen zurückgekehrt war, sich erneut in weiten Teilen Polens inklusive Pommerellen als Landesherr durchsetzen.
Im Sommer 1307 kam es zu einer Rebellion des pommerellischen Adelsgeschlechts der Swenzonen, die sich mit den Brandenburgern gegen die Herrschaft Władysławs I. Ellenlang verbündet hatten. Sie forderten ihre neuen Lehnsherren dazu auf, Pommerellen und Danzig in Besitz zu nehmen. Markgraf Waldemar von Brandenburg marschierte 1308 in Pommerellen ein und nahm auch die Hauptfeste Danzig ein. Die wenigen polnischen Garnisonstruppen verschanzten sich in der direkt vor der Stadt gelegenen Burg, wo sie von den Brandenburgern belagert wurden.
Der pommerellische Landesrichter und Kastellan der Stadt Danzig in polnischen Diensten, Bogusza, rief auf Anraten des Dominikaner-Priors Wilhelm im Interesse Władysławs I. den Deutschen Orden gegen die Brandenburger zu Hilfe.
Ein Entsatzheer der Deutschritter unter Heinrich von Plötzke und Günther von Schwarzburg (ein Verwandter des gleichnamigen Günther von Schwarzburg) erreichte im August die Burg, woraufhin die Brandenburger die Belagerung kampflos aufgaben und abzogen. Die rebellische Stadtbevölkerung leistete dagegen weiterhin Widerstand und wurde ab September nun ihrerseits von den polnischen Garnisonstruppen unter Bogusza sowie den Ordensrittern belagert. Während der Belagerung kam es unter den Belagerern zum Streit über ihre Entlohnung. Władysław I. lehnte es ab, den Ordensrittern 10.000 Mark Silber für ihre Hilfe zu bezahlen. Schließlich zog Bogusza mit den polnischen Garnisonstruppen ab. Die Deutschritter setzen die Belagerung Danzigs alleine fort. In der Nacht vom 12. auf den 13. November 1308 erstürmten die Ritter die Stadt und beendeten die Belagerung. Ob und wie viele Zivilisten bei der Erstürmung getötet wurden, ist bis heute umstritten.
Der Markgraf von Brandenburg war zwar geschlagen, dafür hielt aber nun der Deutsche Orden die Stadt besetzt. Da Władysław I. die versprochene Entschädigung der Ordensritter nicht auftreiben konnte, gliederte der Orden die Stadt in seinen Besitz ein. Um den Besitz Pommerellens mit Danzig rechtlich abzusichern, kaufte der Orden im Vertrag von Soldin 1309 den Brandenburgern alle ihre allerdings umstrittenen Besitztitel an Pommerellen für 10.000 Mark Silber ab. Damit wurde das polnische Herzogtum Pommerellen an den Landesrechten der polnischen Krone vorbei zwischen zwei deutschen Feudalstaaten, Mark Brandenburg und Deutschordensstaat, geteilt. Bei Brandenburg verblieben bis 1317 die pommerellischen Länder um Stolp, Schlawe, Rügenwalde und Bütow, der größere Rest mit der Hauptfeste Danzig ging an den Hochmeister des Deutschen Ordens.
Bald nach der Übernahme, am 19. Juni 1310, sahen sich die Deutschen Orden mit Vorwürfen konfrontiert, sie hätten ein Massaker begangen – in einer Bulle, die Papst Clemens V. erließ: „Neueste Nachrichten wurden mir zugetragen, dass Beamte und Brüder des genannten Deutschen Ordens feindlich in die Länder unseres geliebten Sohnes Wladislaw, Herzog von Krakau und Sandomierz, eingedrungen sind und in der Stadt Gdańsk mehr als zehntausend Menschen mit dem Schwert getötet haben, indem sie sogar winselnden Säuglingen in den Wiegen den Tod brachten, die selbst der Feind des Glaubens verschont hätte.“
Die betreffende Bulle enthielt weitere Vorwürfe gegen den Deutschen Orden, die aus einem Streit zwischen dessen livländischem Zweig einerseits sowie den Bürgern und dem Erzbischof von Riga, Friedrich von Pernstein, andererseits resultierten. Ulrich Nieß zufolge war von Pernstein vermutlich die Quelle der Behauptung über die zehntausend Ermordeten. Die Bulle forderte eine Untersuchung der Vorwürfe, die 1312 von Franz von Moliano eingeleitet wurde. Während der Inquisition exkommunizierte Moliano die Deutschen Ritter, doch diese Exkommunikation wurde 1313 wieder aufgehoben. Der Riga-Prozess wurde schließlich 1319 nach einer Anhörung in Avignon durch den Nachfolger Clemens’, Johannes XXII., zugunsten des Deutschen Ordens entschieden."
Was genau in der Nacht vom 12. auf den 13. November 1308 passierte, als die Ordensritter Danzig eroberten, war und ist umstritten, im 14. Jahrhundert ebenso wie im 20. Besonders in der Zeit zwischen und nach den Weltkriegen und im Kalten Krieg wurde dieses Thema immer wieder zu politischen und propagandistischen Zwecken aufgegriffen. Längst nicht mehr aktuell sind frühere Behauptungen, der Orden hätte 10.000 Polen massakriert. Allerdings sind wohl mehr als – wie vom Deutschen Orden behauptet – 16 polnische Ritter getötet worden. Błażej Śliwiński hat unlängst den Tod einiger Tausend Einwohner angenommen, blieb aber Belege schuldig. Unzweifelhaft ist mittlerweile allerdings, auch aufgrund archäologischer Untersuchungen, dass große Teile der alten Stadt Danzig vom Deutschen Orden zerstört wurden; daraufhin entstand an der Stelle der heutigen Rechtstadt eine neue Stadt.
Die Webseite Danzigs (Stand 15. Juli 2008) gibt an, dass die Ritter die Bevölkerung abgeschlachtet hätten:... the governor of the castle, Bogusza, called on the Teutonic Knights for help. Those, having captured the castle in 1308 butchered the population. Since then the event is known as "the Gdańsk slaughter ". Zudem gibt es ein Denkmal für das Massaker der Bevölkerung von Danzig im Jahre 1308.