Im ersten Jahren der brasilianischen Republik, als das Land noch versuchte, die Konturen seines neuen politischen Systems zu definieren, erreichten die Spannungen zwischen den Streitkräften und der Zentralregierung einen Bruchpunkt. Die Revolte der Marine war der Name für zwei unterschiedliche Rebellionsereignisse, die von Einheiten der brasilianischen Marine angeführt wurden und beide durch die Unzufriedenheit mit der autoritären Richtung motiviert waren, die die ersten republikanischen Regierungen einschlugen. Die Bewegungen fanden zu unterschiedlichen Zeitpunkten statt, trugen jedoch denselben Kern: den Widerstand von Marineoffizieren gegen die Machtkonzentration in den Händen des Heeres.
Der erste Vorfall ereignete sich im November 1891 und war eine direkte Reaktion auf eine der umstrittensten Handlungen von Marschall Deodoro da Fonseca, damals Präsident der Republik. Unter dem Druck einer schweren Wirtschaftskrise und ohne politische Lösungen mit der Opposition verhandeln zu können, traf Deodoro eine Entscheidung, die die erst im selben Jahr verabschiedete Verfassung offen verletzte: Er ließ den Nationalkongress schließen. Diese Maßnahme löste eine sofortige Reaktion der Marine aus. Einheiten, die in der Bucht von Guanabara stationiert waren und unter dem Kommando von Admiral Custódio de Melo standen, erhoben sich und drohten, die Stadt Rio de Janeiro, die Hauptstadt der Republik, zu bombardieren. Angesichts der unmittelbaren Gefahr eines bewaffneten Konflikts trat Deodoro am 23. November 1891 zurück, nach nur neun Monaten im Amt.
Mit dem Rücktritt Deodoros übernahm der Vizepräsident Floriano Peixoto 1892 die Macht. Der Übergang löste jedoch einen neuen verfassungsrechtlichen Streit aus. Die Verfassung von 1891 sah vor, dass bei einer Vakanz des Präsidenten- oder Vizepräsidentenamts vor Ablauf von zwei Jahren der Amtszeit Neuwahlen einberufen werden mussten. Die Opposition warf Floriano vor, sich illegal an der Spitze der Nation zu halten, und der Boden für einen neuen Konflikt war bereitet.
Der zweite Vorfall, bekannt als die Zweite Revolte der Marine, begann sich im März 1892 abzuzeichnen, als dreizehn Generäle einen Manifest-Brief an Floriano schickten und die Einberufung von Präsidentschaftswahlen forderten. Der Präsident reagierte mit eiserner Faust und ließ die Anführer der Bewegung verhaften. Die Spannungen eskalierten in den folgenden Monaten, bis sie am 6. September 1893 mit voller Wucht ausbrachen, als eine Gruppe hoher Marineoffiziere die Rebellion formell erklärte und die sofortige Durchführung von Wahlen forderte.
Unter den Aufständischen befanden sich bedeutende Namen: die Admirale Saldanha da Gama, Eduardo Wandenkolk und Custódio de Melo, der ehemaliger Marineminister und erklärter Kandidat für die Präsidentschaftsnachfolge war. Die Unterstützung dieser Offiziere spiegelte auch eine tiefere Unzufriedenheit der Marine mit dem politischen Prestige wider, das das Heer auf Kosten der Seestreitkräfte anhäufte. An der Bewegung beteiligten sich zudem junge Offiziere und ein beträchtlicher Teil von Monarchisten, die in der instabilen Republik eine Gelegenheit zur Rückkehr sahen.
Die Revolte konnte jedoch nicht die erhoffte Unterstützung der Bevölkerung in Rio de Janeiro gewinnen. Ab dem 13. September tauschten gepanzerte Schiffe der Rebellen Schüsse mit der Artillerie der vom Heer kontrollierten Festungen aus. Es kam zu heftigen Kämpfen an der Ponta da Armação in Niterói, wo regierungstreue Kräfte, bestehend aus Bataillonen der öffentlichen Sicherheitskräfte und der Nationalgarde, etwa 3.000 Mann zählten. Die Gewalt der Auseinandersetzungen war so groß, dass die Hauptstadt des Bundesstaates Rio de Janeiro, damals in Niterói gelegen, 1894 nach Petrópolis verlegt wurde und erst 1903 an ihren ursprünglichen Ort zurückkehrte.
Ohne Aussicht auf einen Sieg in der Bucht von Guanabara verlagerten sich die Aufständischen in den Süden des Landes. Ein Teil der Truppen landete in Desterro, dem heutigen Florianópolis, in dem Versuch, ein Bündnis mit den föderalistischen Gaúchos zu schmieden, die im Bundesstaat Rio Grande do Sul ihren eigenen Konflikt austrugen. Die Strategie brachte jedoch nicht die erhofften Ergebnisse, und die Revolte verlor allmählich an Kraft.
Ein entscheidender Faktor für die Niederlage der Rebellen war das Eingreifen der USA. Die Vereinigten Staaten, die bereits während des ersten Vorfalls hinter den Kulissen Einfluss ausgeübt und auf Deodoros Rücktritt gedrängt hatten, griffen 1894 erneut ein. Nach Berichten über Angriffe auf drei amerikanische Schiffe durch die Rebellen entsandte Washington eine Flottille nach Rio de Janeiro. Floriano hatte im Ausland Kriegsschiffe über den amerikanischen Unternehmer und Bankier Charles Ranlett Flint erworben – eine Flotte, die von den Gegnern als „Papierflotte“ und von den Regierungsanhängern als „Flint-Geschwader“ bezeichnet wurde. Die amerikanischen Kreuzer unter dem Kommando von Admiral Benham durchbrachen am 29. Januar 1894 mit Waffengewalt die Blockade, die die Rebellen über den Hafen von Rio verhängt hatten, und besiegelten damit endgültig das Schicksal der Revolte.
Im März 1894 war die Rebellion niedergeschlagen. Die Härte, mit der Floriano Peixoto die beiden revolutionären Bewegungen bekämpfte, festigte seinen Ruf als unerbittlicher Herrscher und brachte ihm den Spitznamen ein, unter dem er in die brasilianische Geschichte eingehen sollte: der Eiserne Marschall. Die Revolte der Marine wiederum ging in die Annalen als einer der turbulentesten Episoden der sogenannten „Republik der Schwerter“ ein, einer Anfangsphase, in der Militärs die politische Bühne des Landes dominierten und die institutionelle Stabilität bestenfalls ein noch fernes Ziel blieb.