Magnus Cort Nielsen wurde am 16. Januar 1993 in Rønne auf der dänischen Insel Bornholm geboren und entwickelte sich zu einem der vielseitigsten Rennfahrer im Profiradsport. Mit seiner explosiven Endschnelligkeit, seiner Fähigkeit, in hügeligem Terrain Ausreißergruppen zu überstehen, und seiner Konstanz über viele Saisonen hinweg hat er sich im Peloton einen festen Platz erarbeitet.
Seine Karriere begann vielversprechend im Juniorenbereich: 2011 gewann Cort Nielsen zwei Etappen und die Gesamtwertung des Course de la Paix Juniors und wurde zudem dänischer Meister sowohl im Straßenrennen als auch im Cyclocross, eine außergewöhnliche Kombination, die seine athletische Bandbreite schon früh andeutete. Nach einer sieglosen Saison 2012 beim Continental Team Concordia Forsikring-Himmerland wechselte er zum Team Cult Energy. Dort gewann er eine Etappe und die Bergwertung der U23-Ausgabe der Internationalen Thüringen Rundfahrt sowie zwei Etappen der Dänemark-Rundfahrt und erreichte den neunten Gesamtplatz.
Im zweiten Jahr beim Cult Energy-Team startete Cort Nielsen schwungvoll in die Saison mit dem Gesamtsieg bei der Istrian Spring Trophy, wo er auch zwei Etappen gewann. Es folgten Siege bei der Himmerland Rundt, Destination Thy und dem Ringerike Grand Prix sowie eine Etappe und die Nachwuchswertung der Tour des Fjords. Bei der Ronde de l'Oise sicherte er sich zwei der vier Etappensiege und gewann überdies die Gesamt-, Nachwuchs- und Punktewertung des Rennens. Bei der Dänemark-Rundfahrt 2014 gewann er erneut eine Etappe und trug für zwei Tage das Trikot des Gesamtführenden. Seine zahlreichen Erfolge brachten das australische WorldTeam Orica GreenEdge auf ihn aufmerksam, für das er ab dem 1. September als Stagiaire fuhr.
Zum Beginn der Saison 2015 erhielt Cort Nielsen einen festen Vertrag bei Orica GreenEdge, das später unter dem Namen Orica Scott antrat. 2016 sicherte er sich im Trikot der dänischen Nationalmannschaft einen weiteren Etappensieg bei der Dänemark-Rundfahrt. Seinen eigentlichen Durchbruch auf der Weltbühne erlebte er am Ende jener Saison bei der Vuelta a España 2016, wo er sowohl die 18. als auch die abschließende 21. Etappe im Sprint gewann, sein erstes Grand-Tour-Aufgebot hatte er mit einem Doppelschlag abgeschlossen.
2017 begann er mit einem Etappensieg bei der Valencia-Rundfahrt und dem Gesamtsieg bei der Clásica de Almería. Bei Mailand-Sanremo, einem Monument des Radsports, belegte er den elften Rang. Beim Prudential RideLondon & Surrey Classic musste er sich im Sprint nur Alexander Kristoff geschlagen geben. Bei seiner zweiten Vuelta a España zeigte er erneut seine Qualitäten in der Schlussphase des Rennens.
Ab der Saison 2018 fuhr Cort Nielsen für das Astana Pro Team. Gleich beim ersten Training mit dem neuen Team brach er sich das Schlüsselbein, dieselbe Verletzung hatte er sich bereits im April 2017 bei der Tour de Yorkshire zugezogen. Nach seiner Genesung gewann er zu Beginn des Jahres die Nachwuchswertung der Dubai Tour als Gesamtzweiter und holte einen Etappensieg bei der Tour of Oman. Bei seiner ersten Tour de France 2018 gewann er die hügelige 15. Etappe in Carcassonne, wo er sich im Sprint gegen Ion Izagirre durchsetzte, nachdem er auf Platz sieben in einem Massensprint der 13. Etappe verwiesen worden war. Insgesamt belegte er in der Gesamtwertung den 68. Rang. Kurz nach der Tour gewann er eine Etappe der Binckbank Tour.
2019 war er etwas weniger erfolgreich, gewann jedoch eine Etappe bei Paris-Nizza und die Bergwertung der Deutschland Tour. Mit dem Wechsel zur US-amerikanischen EF Education-EasyPost Mannschaft zur Saison 2020 begann ein neues Kapitel seiner Karriere. Im Frühjahr gewann er eine Etappe und die Punktewertung des Étoile de Bessèges. Bei der Vuelta a España 2020, die nach einer langen pandemiebedingten Rennpause stattfand, gewann er die 16. Etappe. 2021 folgten Etappensiege bei Paris-Nizza und der Route d'Occitanie.
Magnus Cort Nielsen verkörpert den Typ des zuverlässigen Etappenjägers, der in vielen Terrains gefährlich ist und der das Peloton in wichtigen Momenten überraschen kann. Seine Karriere ist ein Beleg dafür, dass auch Fahrer abseits der großen Gesamtwertungsrennen den Radsport über viele Saisonen bereichern können.
